Nel corso del Cinquecento si instaura in Basilicata un nuovo rapprto dialettico tra baroni e popolazioni, in conseguenza dell’accresciuto potere delle Università (i Comuni). Già nel secolo precedente questi Enti avevano ottenuto una pur limitata legittimazione istituzionale e un crescente potere di rappresentanza degli interessi collettivi. I Baroni erano pertanto costretti a concordare con le popolazioni ogni attività in essere. Formalmente detenevano il potere, ma erano tenuti a dare delle controprestazioni, stabilite in base ai vecchi ” capitoli ” di insediamento e infeudazione.
Ottennero favori e sgravi i comuni di Lauria, Stigliano, Aliano e Roccanova. Ancora più interessanti furono le concessioni nel 1546 all’Università di Senise. Si stabilì intanto di inventariare i beni posseduti sia dal Barone che dai Comuni e di disciplinare le elezioni dei rappresentanti delle Università, sfidando l’eccessivo arbitrio dello stesso Barone. Alcune conquiste importanti furono ottenute anche dal Comune di Santarcangelo nel 1520. Spesso gli accordi furono in parte disattesi dalle parti in causa.